A 34 éves játékos 2007-ben, pontosan tíz éve igazolt át a Portótól a Real Madridhoz. Június végén jár le a szerződése a Realnál. Maga jelentette be, hogy távozni fog a klubtól. Arról nem beszélt, hogy hol folytatja tovább pályafutását, de sajtóértesülések szerint a Paris Saint-Germain, esetleg az Internazionale lehet az újabb állomás, de korábban arról is lehetett hallani, hogy a kínai bajnokságban futballozik tovább. Az utolsó szezonban már kevés játék lehetőséget kapott Zidane-tól, sőt idén április elején bordatörést szenvedett, azóta nem is játszhatott.  Pepe a Real Madriddal háromszor lett bajnok, háromszor nyert Bajnokok Ligáját és kétszer spanyol Király Kupát.