Pepe 2007-ben 30 millió euróért igazolt a Real Madridhoz. A csapattal tíz év alatt három BL-t, három bajnoki címet és két Király Kupát is nyert. A 34 éves hátvéd szerződése most lejárt, és mivel nem hosszabbították meg, a török Besiktasnak nem is kellett érte fizetnie. A szerződés részleteit nem hozták nyilvánosságra, viszont a helyi lapok szerint a futballista két évre kötelezte el magát a csapatnál, szezononként pedig 3,35 millió eurót keres majd. Pepe szerdán kora reggel már meg is érkezett Isztambulba.