Mijatovic 1969. 01. 19-én született Titogradban.

A 90-es évek egyik legjobb szerb csatára pályafutása alatt előbb hazájában, az akkori Jugoszláviában játszott a Budućnost Podgoricában (akkor Budućnost Titograd), majd a Partizán Belgrádban. 1993-ban Spanyolországba szerződött, itt a Valencia CF, és a Real Madrid sorait erősítette. Ezek az évek tekinthetők pályafutása legkiemelkedőbbjeinek, de a számára balul sikerült 1998-as világbajnokság után karrierje hanyatlásnak indult, a vb után egy évvel menesztették a 30 éves játékost a Realtól. 1999 és 2002között Olaszországban, a Fiorentina csapatában szerepelt, ahol csatártársai Gabriel Batistuta, és Enrico Chiesa voltak. Pályafutása utolsó éveiben visszatért Spanyolországba, a Levante csapatához igazolt, de egy mérkőzésen sem lépett pályára. 2004-ben vonult vissza az aktív labdarúgástól. Klubjaiban bajnoki és kupamérkőzéseket is összeszámolva 399 mérkőzésen lépett pályára, és ezeken 140 gólt szerzett. Mind közül legemlékezetesebb az 1998-as Bajnokok Ligája döntőn elért találata: a Juventus elleni finálé egyetlen gólját szerezte, ezzel gyakorlatilag ő nyerte meg újra a kupát 32 év szünet után a Real Madridnak.

73-szor volt tagja a jugoszláv válogatottnak, mellyel részt vett az 1998-as VB-n és a 2000-es EB-n.

A 98-as BL-döntő mellett még két kiemelkedően emlékezetes sikere volt: az 1995/96-os idényben 28 gólt szerzett a Valencia színeiben, ezzel elősegítve a Realhoz szerződését; az 1998-as VB előtti pótselejtezőn a magyar válogatott ellen két mérkőzésen hét gólt szerzett (Budapesten négyet, Belgrádban hármat). A világbajnokságon azonban mélyen a várakozások alatt teljesített, mindössze egy gólt szerzett (azt is csak szerencsével, a Németország elleni mérkőzésen úgy tűnt, hogy Dejan Stankovic szerezte a gólt, később videós elemzés után ítélték Mijatović-nak a találatot). A Hollandia elleni negyeddöntőn tizenegyest hibázott, mely csapata búcsúját jelentette.

1999-ben többször felemelte szavát a hazáját sújtó NATO-bombázások ellen. Ennek egyik megnyilvánulásaként áprilisban nem volt hajlandó pályára lépni az Alavés elleni bajnokin, amiért klubja (ekkor még a Real játékosa volt) 5 millió pesetára büntette meg.